Енисейское речное пароходство ежегодно выполняет комплекс природоохранных мероприятий, направленный на сохранение в чистоте вод Енисея.
Предприятие содержит вспомогательный флот, предназначенный для предотвращения попадания в реку загрязнений, которые образуются при эксплуатации судов. Это пять судов-сборщиков грузоподъемностью от 100 до 600 тонн, два СКПО (судно комплексной переработки отходов) и две очистные станции, расположенные в Подтесовской и Ермолаевской ремонтно-эксплуатационных базах флота.
Во время навигации суда-сборщики, распределенные по всему Енисею и Нижней Ангаре, принимают с теплоходов, работающих в рейсах, подсланевые воды (загрязнённые нефтепродуктами от работы двигателей судна), хозфекальные воды и мусор. Чтобы выполнять эту работу, Енисейское пароходство имеет лицензию на осуществление деятельности по сбору, транспортированию, обработке, утилизации, обезвреживанию, размещению отходов I-IV классов опасности. Также сборщики снабжают экипажи питьевой водой.
Накопившиеся в специальных резервуарах теплоходов загрязненные воды забирают с помощью шлангов и вакуумных насосов — процедура занимает не более часа, в зависимости от размеров и типа судна. Собрав загрязнённые воды, сборщики передают их на очистные станции, оснащённые системами очистки, позволяющими довести воду до нормативного состояния, после чего очищенная вода возвращается в Енисей. Мусор отвозится для дальнейшей утилизации на полигонах по договорам на захоронение отходов.
Компания оказывает данные услуги и сторонним организациям, у которых такой лицензии и вспомогательного флота нет. Мощности вспомогательного флота Енисейского речного пароходства достаточно, чтобы обеспечить работу всех судов Енисейского бассейна без ущерба окружающей природной среде.
Кроме того, для подтверждения отсутствия вреда природе от эксплуатации судов в Енисейском пароходстве предусмотрена система мероприятий, направленных на поддержание надлежащего санитарного состояния водных объектов и благоприятного состояния окружающей среды. Во исполнение требований природоохранного законодательства проводятся лабораторные измерения и анализ состава поверхностных вод, с привлечением экспертных организаций пробы воды оцениваются на соответствие санитарно-эпидемиологическим правилам и нормативам.
Регулярно осуществляется мониторинг качества поверхностных вод в соответствии с условиями безопасного для здоровья населения использования водного объекта путем визуального наблюдения с привлечением водного транспорта. Также компания на добровольных началах зачищает от мусора и металлолома прибрежные полосы затонов и мест базирования, ремонта и обслуживания флота.
Затраты на реализацию природоохранных мероприятий АО «ЕРП» в 2022 году составило более 300 млн рублей.